幻影之塔共分为四层，塔内的精灵只有穿山鼠和大颚蚁两种，秦凡换上音速自行车，朝着高层前进。
因为幻影之塔内有的地板过于破旧，需要音速自行车在地板崩塌之前快速的冲过去，否则就会重新掉到下一层。
为了防止被精灵干扰，秦凡第一次使用白银喷雾器，先前为了捕捉精灵，秦凡并未使用过喷雾剂，背包里的喷雾剂都快要累计到99个了。
有着前世的经验，秦凡很轻松就来到了幻影之塔的第四层，在第四层的最中央摆放着两块化石，分别是爪子化石和根状化石。
这两块化石都可以前往卡那兹市的得文公司，将化石复活为精灵，其中，爪子化石可以复活太古羽虫，太古羽虫是岩石属性和虫属性的精灵，根状化石可以复活出触手百合，两种精灵都是在古代就已经灭绝的生物。
在幻影之塔内，未成为冠军前只能获取其中之一，当选择拿走两块化石中的一块后，幻影之塔就会坍塌，另一块化石会随着坍塌的幻影之塔一起被淹没在沙漠之中，直到主角成为冠军，登入名人堂后还可以在114号道路上沙漠的地下道里面获取。
除此之外，还有一个较为有趣的事，在第四世代版本之后，触手百合身上会有概率携带道具大根茎，秦凡曾一度怀疑触手百合之所以会灭亡与怪力有很大的原因，每有一只闪光大根茎母怪力的存在，就会伴随着一只触手百合的消失，没有买卖，就没有杀害
【请问是要选择爪子化石，还是根状化石？】
看着屏幕上弹出的提示，秦凡毫不犹豫的选择了爪子化石，毕竟爪子化石孵化出来的太古羽虫的进化形态太古盔甲还是很帅的，至于触手百合，emmm，一个奇奇怪怪的触手怪，秦凡可没有这方面的特殊爱好。
当然，这两只精灵除了稀少外并不算是什么太强大的精灵，秦凡并未准备培育。
伴随着秦凡做出了选择，整座幻影之塔发生剧烈的震动，一块块砂砾从空中落下，就连主角脚下的地面都开始发生塌陷。
随后，屏幕一黑，等到再次亮起，秦凡已然重新回到了沙漠中，眼前的幻影之塔消失不见。与此同时，屏幕上弹出了相应的信息。
【在你将爪子化石拿起，好像触发了某种幻影之塔的机关，幻影之塔坍塌了，另一块化石将会随着幻影之塔被永远的埋葬在沙漠之中了！】
拿到了化石，秦凡直接离开了沙漠，朝着紫堇市的方向返回。
穿越紫堇市，秦凡来到海边，再次坐上哈奇老人的小船，沿路返回了橙华市。
接下来，就是要尽快回到橙华市，在原本的剧情中，等秦凡回到橙华市后，小遥早就已经和千里战斗过了，不过在现在这个版本，自己只要进入道馆内触发某种机制就可以进入游戏中。
秦凡想要早些回去，说不定能赶上小遥与自己父亲的对战，说不定小遥对战会失败呢，如果对战失败了，小遥一定会很伤心，等那个时候自己在好好安慰安慰小遥，说不定能借此来提高小遥对自己的好感度呢！
坐着船回到了哈奇老人在海边的小屋，秦凡回到了橙华市，径直走去了道馆。
一进入道馆，秦凡就自然而然的进入了游戏中，秦凡有些不理解，明明自己当初第一次进入道馆时并未进入游戏中，但这次却是进入了，也许是因为第一次自己还并不具备挑战道馆的资格，秦凡在心里猜测到。
由于这是算得上是秦凡自家的道馆，怎么说秦凡在游戏中也是作为道馆馆主之子的训练家二代，秦凡一路畅通无阻的来到了道馆的对战场地处。
此时对战场地一片狼藉，地上碎裂的石砖，墙壁上因招式而留下的明显痕迹，无不在告诉秦凡这里先前经历了一场焦灼的精灵对战，不过从眼下的局面来看，对战已经结束了，就是不知道是谁赢了。
秦凡朝着对战场地后面的休息室走去，果然发现主角的老爸千里正在休息室内喝着茶，看着电视，一脸的惬意。
“呦，这不是小凡嘛，怎么今天有空来看爸爸了？”
千里听到门外的动静，放下手中的茶杯，随后抬头看到了正站在门口的秦凡，一脸惊喜的说道。
“让我猜一下啊，是不是小凡你已经收集到四枚徽章，准备来挑战我了！”
“我应该猜的没错吧，就在半个多小时前，小田卷博士家的那个孩子，小遥刚刚来挑战爸爸，她真的是个很努力的孩子呢，精灵也培育的很好，一次就战胜了爸爸，拿到了道馆徽章，小凡，如果你也是要来挑战道馆的话，可要努力呀，千万不能输给人家小姑娘啊！”
千里一脸感慨的说道。
秦凡面色一黑，千里作为主角的父亲，作为道馆的馆主，如果真的不想让秦凡输给小遥的话，干脆在对战中放水得了。
不过这显然是不可能的事情。
而且，秦凡发现，千里对自己的称呼是小凡，也就是秦凡本身的名字，并不是主角原本的名字小悠。
秦凡猜测是系统的原因，将游戏中主角父亲以至于其他所有人对主角的认知全都修改了，这才导致他们都将秦凡就认为是千里的儿子。
秦凡以后并不准备召唤千里，如果他把千里召唤到现实之中的话，emmm，在加上秦凡自己的父亲秦家康，两个父亲，总感觉怪怪的。
那自己就一个大爸外加一个二爸？其中二爸还是一个冠军级训练家？并且是在冠军级训练家中都能嘎嘎乱杀的那种存在？？
“小遥已经走了吗？”
秦凡有些失落的说道，旋即释然，也对，毕竟小遥可是自己的劲敌呢，如今的她一定也很强大。
“对呀，刚走没多久，刚刚进来的时候想必你也已经看到了吧，外面的对战场地还没收拾呢，我刚刚联系了工作人员正要收拾对战场地，如果你想要对战的话，可能需要等一段时间。”
千里再次给自己续上了一杯茶，随后又给秦凡也倒了一杯，示意秦凡坐在另一侧，秦凡顺其自然的走到桌子前坐下，举起茶杯放在嘴边轻轻吹了吹，随后静心品茶。
“怎么了？儿子，你想她了？不过她好像还没离开橙华市？要不爸爸派人帮你联系一下？”
“爸爸说个题外话啊，小凡，你觉得小遥这个小姑娘怎么样？”