朱由检看到袁可立上的奏章，建议‘袄儿都司、赤斤蒙古互市’，没有犹豫就给与了许可，白水盗、汉南盗迅速剿灭，不光是两个小的农民起义的剿灭，更是扑灭了农民起义的火种。
历经4个月，钱龙锡和来宗道陪同范景文一起回到京师。
“范爱卿，这几个月辛苦了，漕运的情况如何”
“臣2月份从京师出发，一路对大运河所经过的天津、沧州、德州、临清州、东昌府、济宁州、徐州、淮安、扬州、镇江、苏州、杭州这十二个州府逐一摸排，特别是淮安的丰济仓、徐州的广运仓、德州的德州仓和临清的临清仓这四个大仓更是做了重点排查。漕运改为长运后，漕运军到各县粮税，免除了百姓长途运输的辛苦，但要额外征收百姓的额外费1石，地方要求百姓需要用1.2两银子抵消1石的额外费，实际上1石粮食仅值0.7两银子，这中间的差额就成了各级官吏的油水。每年征收漕粮的工作由12万漕军来负责，这些漕军来自运河沿岸124个卫所，漕军工作上听从漕运总督衙门，但人事关系留在原处。所以各级漕运官员克扣军饷，奴役士兵情况普遍存在。如果运输过程中漕船因气候原因或搁浅漏水而导致粮饷的减少，需要漕军承担百分之四十的责任。漕军为了养活家庭，就通过走私贸易的方式赚取收益，结成了一个利益集团，以保障自己的生活。这种情况下他们很快就失去了战斗力变成普通的苦力。运河河道窄浅，经常面临水源不足的问题，尤其是初春暮秋时节，河道干涸，需要人工引水，漕运衙门也经常利用引水一事克扣工钱。漕运船只也经常需要维修，而有的船只被贱价卖给商人确报船只损坏无法使用。”
“这些人真的是胆大妄为，那四个大仓怎样”
“臣在调查中发现，有些税粮并没有直接入仓，而是直接给贱卖，仓管确给曹军开有入仓凭证。臣要求进入检查曾遭到百般阻挠，还在这次调查中多次遭到暗杀，幸有内阁两位大人的策应，臣才顺利入仓检查，各仓都与实际账目不符，有的账目造假。”
“哼哼，都很好吗，这就是大明的官员，是不是还有人故意放火沉船逃避责任的事，你继续说”
“皇上明鉴，确有此事，放火沉船、粮中掺沙拌水等，臣已把涉案官员及利益分配写入奏章，请皇上查阅”
“诸位内阁大臣怎看”
“此事涉及人员太广，只额外费这一项就几乎涉及了所有的官员，但事情的严重性臣也深有体会，一定要处置，但怎处置还要慎重”钱龙锡也是参与了本次查案的，就率先提出意见。
“自成化七年漕运总督滕昭提议，免除百姓的运粮，由军队直接到各县运输，但需要征收额外费以来，漕运已形成一个庞大的体系，也成为定制，免除百姓的运粮臣认为这是减轻百姓负担的好事，但被下面的官员给从中取利，变成了变相压榨百姓，必须严肃官场风气”来宗道也提出自己的意见。
“漕军虽有问题，走私、放火、沉船等，但涉及12万人的生计，他们也只是变相的受害者，臣认为对漕军应宽大处理，今后的漕运还要靠他们来运输”孙承宗发表自己的看法
“漕运自成化七年以来，朝廷的官员谁没有受过此惠，在座的各位恐怕曾经也或直接或间接受过此惠，没有受过此惠的很少，以前大家都心照不宣闭口不提，既然皇上提出来，这漕运一定要有一个合理的方案，臣认为要开海运，双运同时进行，慢慢弱化陆运，对于漕运衙门的官员该查办就查办，特别是敢铤而走险暗杀朝中大臣之人更应罢职流放，对于收取额外费的朝廷根据各府情况制定原则，公示百姓”李标还是处于中立公正的位置来说。
几位大臣在一起都提出不同的意见，各说纷纭，方案提出又更改官员的处置办法也各有不同，激烈的讨论持续到中午，仍没有结果，朱由检给大臣安排午餐，他也要听听各方面的意见，各种方案可能产生的后果，对于今后的影响及其他官员的影响，一个不小心都可能发生重大的变故，官员也要养家特别是在这个女子在家相夫教子、一夫多妻家中多有佣人的时代，男人就是这个家唯一的支撑。清官海瑞走到那还有书童跟随，难道书童不要工资吗，包拯身边有公孙、展昭等人，他们也要养家。出来为官除了为国为民、名声还有富足的生活，不求富可敌国但也要衣食无忧，朱由检不可能让每个人都当做牛马只要给口饭吃就会任劳任怨。
时间在他们激烈的讨论中飞驰而过，不知不觉天色已经暗淡，朱由检知道自己必须要定个调，不能把这事一直拖下去
“听了诸位爱卿的话，朕就说个章法，你们再制定详细的章程吧。第一、漕运衙门七品以上的官员官降一级，没收贪污所得，第二、免去张九德左都御史及漕运总督职务罚奉一年，第三、命刑部缉拿暗杀之人，全部抄家、流放，第四、取消运河沿岸124卫所征调漕军的制度，原漕军人员专事生产，成立押运军满员6万人，归属兵部，平日驻守各大粮仓，每次押运由户部抽调人员监督押运过程，第五、各县税粮仍有押运军押运至就近粮仓，第六、粮仓负责入库查验人员革职查办、论罪，粮仓负责查验人员归户部直管，第七、运河各闸口由户部设收税官，第八、本次没有涉案知县官升一级，俸禄加两成，涉案知县罚奉半年，第九、在各县张贴告示，规定交粮成色等级及额外费标准。”
朱由检暂时想到这些，他想大量走海运可现在大明的海军还没有形成、海外盗贼较多不能保证安全，只有他控制了沿海周边才可放心走海运，张贴告示也让他想到后世的报纸，现在朝廷有邸报自己怎不弄个报纸，即能创收又能把朝廷的政策让百姓都看到，还能提高百姓的文化水平。
内阁按照朱由检定的调，快速进行了落实，经过本次对漕运的整顿，朱由检共查抄官员非法所得200万元，几乎相当五年大明一年的财政收入，涉案官员200多人。