即位次日，他要礼部详议追尊生母贤妃刘氏，以尽他对母亲多年思念的一片孝心。正如他给礼部的谕旨所说的那样，“庆源有自，礼必隆于所生;孝思永言，施必由于亲始”。几天后，他要礼部挑选吉日册封元妃周氏为皇后。礼部遵旨于九月二十一日议定，追谥圣母贤妃刘氏为孝纯皇太后，并选定九月二十七日册立周氏为皇后，由英国公张惟贤持节，大学士黄立极捧册，大学士施凤来捧宝，举行册封礼。礼毕后，朱由检接受百官表贺，并把皇后之父周奎由南城兵马司副指挥提升为右军都督同知，任命皇后的兄长周文炳、周文耀为兵马司副指挥。
文华殿
朱由检静静地坐在这回顾这几天的过往，给魏忠贤总结了以下几点：1、魏忠贤从骨子充满了对皇权的敬畏。2、魏忠贤的实力还不足以发动一场政变。3、魏忠贤的人员不一定是一条心。4、魏忠贤没有长远的眼光和见识。5、魏忠贤不占据大义。魏忠贤以后能做的事情就是耍一些阴谋诡计，想办法控制我，让我对他惟命是从。我只要小心谨慎，不中其圈套，待时机成熟就可一举拿掉魏忠贤，另外也要想办法组建一支对自己忠心的人员。就在朱由检深思的时候，王承恩走了进来。
“皇上，魏公公进献了四个女子”
“哦，那就先安排他们到干清宫吧”朱由检知道魏忠贤的阴谋已经开始，“入宫后对他们仔细搜身，下去吧”
入宫后，对四名女子搜遍全身，并无可疑之物，只见各人都在裙带顶端佩香丸一粒，大小如同黍子，名叫“**”。此物十分奇特，男子一接触便产生迷魂效应，欲心顿起。朱由检毫不犹豫地命她们毁弃这“**”。
又一个晚上，朱由检与大臣议论朝政后正在静心思考忽然一阵阵奇异的香味幽幽传来，似有若无，缕缕不绝。他这个不近声色的人也不由得闻香心动了立即命近侍太监秉烛检查，查遍了壁隅，竟一无所见。过了一会，望见远处殿角有微弱的火星闪烁前往一查，见一小宦官持香端坐于复壁内。一审问，原来是魏忠贤派来的。朱由检不由得长叹一声“皇考皇兄皆为此误!”。他不愿成为如同皇兄那样听任客式、魏摆布的昏聩君主，但是要摆脱他们二人并不是一件容易得事情。
一方面，他摆出若无其事的样子，把精力集中于册封后妃及筹办嘉宗丧葬事务上，不让客、魏感到有什异常动态;另一方面他一如熹宗在世时那样，继续优容客、魏，对弹劾客、魏及其党羽的奏章一概置之不理，给客、魏之流造成错觉。
（客式，天启的奶妈，与魏忠贤狼狈为奸操纵后宫）
九月初一日，魏忠贤率先向皇上提出辞去东厂总督太监的职务，朱由检明确表示不许。
九月初三日，客氏请求从宫中迁回私宅，朱由检批准了。天启一死，客氏留居宫中显然已无任何理由
客氏出宫虽是名正言顺的事情，但对于魏忠贤及其党羽无疑是一大震慑。
因巴结客、魏成为司礼监掌印太监的王体干预感到事态之严重，立即于次日向皇上提出辞职。朱由检明日这又是一次试探，不允。王体干为人柔佞深险，从尚腾监太监升为司礼监秉笔太监;王安辞去司礼监掌印太监一职之后，他急谋于客、魏，获取了这一太监中的最高职位。此后一意附和客、魏，为之效力。按宫中制度，司礼监掌印太监地位在秉笔太监及掌东厂太监之上，但王体干为了讨好魏忠贤，破例把自己置于魏忠贤之下，因此魏忠贤对他一无所忌。目不识丁的魏忠贤按惯例不得为司礼监太监，因为客氏的作用，被朱由校任命为司礼监秉笔太监兼掌东厂。既然不识字，就无法代皇上“秉笔“，一切全由王体干代劳，做他的“谋主”，凡遇票红文书及改票，都出于王体干之手。朱由检深知此中奥秘，暂不触动王体干，也就稳住了魏忠贤。
然而，对政治十分敏感的大臣们还是嗅出了其中的微妙变化。
九月十四日，由右副都御史调任南京通政使杨所修上疏弹劾魏忠贤的亲信兵部尚书崔呈秀、工部尚书李养德、太仆寺少卿陈殷、延绥巡抚朱童蒙等人。理由是十分冠冕堂皇的，而且与天启朝政治了无关涉。他说，皇上御极，首崇圣母之封，表明以孝治天下。但是近日丁忧的崔呈秀、李养德、陈殷、朱童蒙等人，父母过世，都因先帝夺情而留任，有悖以孝治天下的准则，希望皇上准令他们辞官回籍守制，以明万古纲常。他还指责主持人事工作的吏部尚书周应秋没有恪守职责，负恩宠而愧统之任。“醉翁之意不在酒，在乎山水之间也。”很明显，杨所修的言外之意是请皇上在以孝治天下的幌子下让崔、李、陈、朱等魏忠贤亲信回家服丧守制，削夺其权力。朱由检何尝不想这样做，只是时机还不成熟。他不但没有接受这一建议，反而下旨斥责杨所修“率意轻诋”。
遭到弹劾的崔呈秀、李养德毕竟心虚，陆续上疏请求辞官回乡守制，皇上下旨慰留，不允所请。
被指责为漫无主持的周应秋也上疏请求罢职，皇上也下旨慰留。
这些举措，令老奸巨猾的魏忠贤如堕五雾中，不知皇上究竟意欲何为。为了试探虚实，他在九月二十五日向皇上乞求停止为他建造生祠的活动。为此，不识字的魏忠贤特地命亲信代他写了一本奏疏呈给皇上。朱由检看了他的《久抱建祠之愧疏》，提笔批复道:“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”从这些话中揣摩，皇上对魏忠贤的建生祠似乎采取一种既往不咎的态度。其实不然，这不过是权宜之计，账还是要算的，只是时机未到。
当然不会日心于束手就擒，这场权力斗争涉及每个人的身家性命，他们必定要在这场政奄品分治赌博中继续押下赌注。最引人注目的事件便是吏科都给事中陈尔翼的以攻为守、倒打一耙。他在给皇上的奏疏中，抓住前几天杨所修弹劾崔呈秀、周应秋之事大做文章，斥之为“播弄多端，葛藤不断”，归结为“东林余孽遍布长安，欲因事生风”。他请求皇上下令东厂、锦衣卫及五城兵马司严加缉访，企图再度造成恐怖气氛以钳制舆论。这种明目张胆的反扑意在把水搅浑，以党派门户之争的表象来掩饰阉党擅权乱政的真相。
对于这一棘手的政治敏感问题，采取简单反对的方式是无济于事的。他批示道:“群臣流品，经先帝分别澄汰已精。朕初御极，嘉与士大夫臻平康之理，不许揣摩风影，致生枝蔓。”
陈尔翼的以攻为守策略无法奏效，另一个阉党分子、云南道御史杨维垣施出了丢车保帅之计。十月十三日杨维垣上疏弹劾兵部尚书兼左都御史崔呈秀，力图把人们对阉党专政的不满情绪全部转移到崔呈秀身上。他指责崔呈秀“立志卑污，居身秽浊”“指缺议价，悬秤卖官”。并且特别提及大行皇帝崩逝次日，百官入宫朝谒新皇上，忽听得隆道阁前有几名宦官大声招呼:“兵部尚书崔家来!闻者莫不惊愕于何以只招呼崔呈秀一人--“天下事岂呈秀一人所可私语耶?”不过杨维垣在奏疏中只字不提魏忠贤的罪状，反而为他评功摆好:“先帝信任厂臣甚专，而厂臣亦孜孜竭力，任怨任劳以图报称，此其所长也。独是误听呈秀一节，是其所短。”似乎魏忠贤唯一的过错就在于“误听呈秀”，以致造成“内谀厂臣，外擅朝政”的结局。
朱由检佯作不知，甚至连“车”都不让丢，下旨谴责杨维垣“率意轻诋”，对崔呈秀不予追究。
十月十八日，杨维垣再次上疏，弹劾崔呈秀“通内”，基调依然是五天前的丢车保帅，不过这次的重点在美化魏忠贤，称“不知者谓呈秀于厂臣为功首，于名教为罪魁。臣谓呈秀毫无益于厂臣，而且若为厂臣累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪;厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知权纳贿”云云。
崔呈秀的罪状已暴露无遗，作为第一步，斩断魏忠贤的左右手是极其必要的。于是朱由检下旨:“令静听处分。“经过两天的周密思考，朱由检终于作出了惩处阉党的第一个重要决定:免除崔呈秀兵部尚书、都察院左都御史两项职务，令其归籍守制