1627年11月3日，刑部大牢
朱由检来到这，对崔呈秀进行了单独召见
“崔呈秀，你可知罪？”
“草民万死，求皇上开恩”
“按你所犯下的罪行，按律当凌迟处死，抄家灭族，但朕可以给你一线生机，办好了，朕不但可以免你罪过还可以让你做一个富家翁，办不好，你的族人也会随你灰飞烟灭。”
“草民定忠心为皇上办事，万死不复”
“我要你去蒙古，林丹汗虚弱，你要辅助他团结其他部落，挑起与鞑子的矛盾，此去你没有任何的名分，孤身一人前往，你可能做到”
“草民粉身碎骨、扑汤蹈火替皇上办差”
1627年11月4日，崔呈秀被判斩首，抄家，其族人流放800。
文华殿内，朱由检召见了田尔耕及骆养性，朱由检要培养自己信任的人监视天下，随时掌握天下情况，灾情、叛乱、官员在任期间实政等。与田尔耕结合后，升任骆养性为锦衣卫指挥佥事
1627年11月6日，上林苑典簿樊维城就上疏指出:魏忠贤专擅多年，羽翼牢固，比往昔的权阉曹吉祥、刘瑾更胜一筹，手下的帮凶如崔呈秀者不止一人。几天后，樊维城再次上疏，更加深入地谈到魏忠贤党羽亟待惩处之事。他说，魏忠贤的党羽如“五虎”“五彪”之类，崔呈秀以下还有田吉、田尔耕、吴淳夫、孙云鹤、许显纯、张体干等，个个都是应该杀头抄家的，若仅仅是罢官，只不过是碰了一下毛发而已。
此后，都察院司务许九皋上疏揭发魏忠贤的打手、锦衣卫左都督田尔耕鲸吞霸产，残害生民，侵占故相住宅，擅毁圣旨御碑。朱由检降旨将田尔耕削籍，抄没家产。户科给事中李党上疏指出，魏忠贤的“十孩儿”“五虎”之流的罪恶，远比魏、客、崔的家属(弟侄)为甚，应置之重典，不该让他们扬扬而归。朱由检批示，令三法司一并议奏。
如此这般零敲碎打显然无济于事。1627年12月3日，朱由检正式宣布:命内阁及部院大臣定阉党逆案。所谓定阉党逆案，就是对形形色色的阉党分子作一次普查，根据罪状作出惩处结论。当务之急是先把“五虎”“五彪”下法司议罪。为自己的内阁成员及以后的政策实施清扫道路。三法司审议的结果:吴淳夫、倪文焕当削秩夺诰命，田吉、李夔龙当革职，田尔耕、许显纯当逮论，杨寰、孙云鹤.崔应元等当削籍。阉觉的“五虎”“五彪”罪恶滔天，竟如此从轻发落，这显然是三法司官员有意包庇纵容。不过朱由检也没想在深入的追查，但对于哪些没有任何底线，做事有伤国本的，朱由检也不想轻易放过，下旨再拟，他要给下面人一个信号：党争可以，但不能损害国家的利益。
孙承宗率先来到了京师，朱由检在文华殿召见了他。询问治辽方略及经世之道。
“以辽人治辽人，以守为攻，建城堡，步步为营，屯田自给养，以毛文龙协助朝鲜可牵制其后方，数年后可一举收复辽土”孙承宗奏道。
（有时间大家可以去看看孙承宗的方略，大意是如此，很多人对此争议也比较大，拿王在晋与孙承宗做比较谁的策略更好，当时孙的主张也是符合政治及崇祯需要的，王的思想过于保守，我们也不能以现在的观点来看，毕竟谁也没有前年的见识，按现在看王的思想更好，但如果以当时来讲就有胆小、龟缩了。明末时期的社会现状已日趋严重，以不堪重负。孙的主张在当时已是老陈富国的，在这我也很想有金手指，可还是想尽量依据当时的环境来写这本书）
随着这十人的陆续到来，朱由检也逐个对每个人进行了问询
他认为孙承宗知兵、有战略思想、有大儒之风；张瑞图清高、可做文人典范为了给腌党一丝希望，也可入内阁；钱龙锡维护正统、做事踏实；李标耿直、中立、清正；刘鸿训有气节、能识人；杨景晨有思想、了解百姓疾苦；来宗道心宽、寡欲；王在晋知兵、性保守；
周延儒善眉；韩爌有气节、搞团体；王永光有气节、有思想年龄已高；周道登圆滑。经过再三斟酌，朱由检决定由孙承宗、张瑞图、钱龙锡、李标、刘鸿训、杨景晨、来宗道七人为内阁成员，李标为首辅。内阁成员不在担任其他职务，专心督查替朱由检审阅奏章提出意见制定策略，从中轮调两人常年替朱由检巡视天下，六部尚书另外选人，王在晋可为兵部尚书、周延儒可为礼部尚书、王永光为太子太傅兼吏部尚书、周道登为王府长史替朱由检管理藩王、郭允厚仍为户部尚书、苏茂相仍为刑部尚书，张九德为仍为工部尚书。至此朱由检的重要大臣已基本组建完成，还有袁崇焕因为路途较远还没进京但从孙承宗那了解到的信息朱由检已有大致的安排，只等袁崇焕进京召对后再做任命。
随着李标当人的相继到京，黄立极等人也先后请辞离京。
对腌党的排查清理工作朱由检逐步交给内阁进行处置、拿定意见交朱由检批示。
朱由检也终于腾出时间去看一下他的内宫了，也要对内宫进行一次清理，毕竟内宫的安定也是朱由检魅力体现。